教団本部の「新型インフルエンザ対策本部」（本部長＝渡邊恭位理事長）は５月１０日、国内で初の新型インフルエンザ感染者が報告されたことを受け、「今後の対応」（第３報）をまとめ、全国各教会に送付しました。
４月２８日付で通達された第１報では強毒性を想定した内容になっていましたが、新型インフルエンザが弱毒性であると確認されたことから、対策本部では改めて対応を検討。今回の第３報では、新型インフルエンザの特性を踏まえ、「本会会員の健康・安全を守る」「本会として、感染の拡大を防ぐという社会的責任を果たす」「行政（都道府県）からの指示に準拠する」からなる「基本方針」が新たに提示されました。
各教会では「基本方針」に従い、国内発生早期（ヒト－ヒト感染が発生）には全国一律の対応ではなく、「感染者が発生した地域（近隣地域含む）」と「それ以外の地域」に分けて段階的に対応することになりました。
未発生地域では、通常の活動を継続しつつ、各地方自治体の情報やマスメディアの報道に注意を払い、「教会および布教拠点への参拝、当番体制」「訪問・対面による布教活動」などのあり方を状況の変化に応じて自粛・縮小することを視野に入れながら、発生に備えた対応策を教会長が冷静に判断することが決定されました。所属の会員やその家族に感染者（疑いを含む）が発生した場合は、発生地域の対応に切り替えることも指示されています。
発生地域については、「教会および布教拠点の閉鎖」「ご命日などの集会や本部参拝への参加の中止」「訪問や対面による布教活動の停止」などの対応が示され、地方自治体の指示に従って教会長が判断することが記されています。
首都圏内で発生した場合の本部の対応として「本部行事・式典・団参・集合教育等の中止」「国内出張・移動の停止」「感染防止策の強化」などが定められました。また、全国共通の対応として、感染未発生国を含め本部承認・教会任意にかかわらず、海外渡航は終息宣言が出されるまで基本的に中止となっています。
一方、海外拠点の対応に関しても協議され、現地の学校などが広範囲に閉鎖された場合などを目安に、ご命日などの集会を伴う行事は中止などの措置をとる。会員やその家族に感染者が確認された場合、現地政府から公共施設の閉鎖や集会などの自粛・禁止が発令された場合には、状況に応じて、参拝を中止し、対面や訪問による布教活動を停止することが伝えられました。
(2009.5.15記載)
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